建文四年，這一年的五月，朱棣已經(jīng)準(zhǔn)備進(jìn)軍泗州了，泗州是現(xiàn)在江蘇淮安盱眙和江蘇宿遷泗洪一帶，了解地理的朋友應(yīng)該知道，這里距離南京已經(jīng)不遠(yuǎn)了，在泗州不遠(yuǎn)處有一條著名的河流---淮河，我們知道地理學(xué)家把長(zhǎng)江與黃河之間的秦嶺、淮河看作是中國(guó)東部地區(qū)的一條南北方分界線。也就是說(shuō)，只要打過(guò)淮河，基本上就可以說(shuō)是打入了南京，徹底擊潰朱允炆了。
此時(shí)的建文帝已經(jīng)沒(méi)有心思再去和徐妙錦卿卿我我了，在這生死存亡之際，必須要有所作為了，既然已經(jīng)想清楚不能議和，那就得打。隨即命令大將盛庸前去應(yīng)敵，盛庸在此之前已經(jīng)多次擊敗燕王，甚至朱允炆還賜予他平燕將軍的官職，而現(xiàn)在盛庸和朱棣又一次要相遇了，盛庸的做法就是屯軍在泗州城邊上的淮河南岸，騎兵和步兵加起來(lái)上萬(wàn)人，還有戰(zhàn)船數(shù)千只，就在淮河南岸守株待兔，靜靜地等待著朱棣的到來(lái)，想著一網(wǎng)打盡。
朱棣來(lái)到了淮河北岸，看到南岸的這個(gè)架勢(shì)立馬意識(shí)到了根本打不過(guò)，就算勉強(qiáng)打過(guò)了也是慘勝，而且還知道了有盛庸這等名將在，硬攻根本不可能，回到營(yíng)地好好地想了想，想到了一個(gè)好辦法。明處朱棣找了一些小船和竹筏，揚(yáng)旗吶喊，鼓噪雷鳴，裝作強(qiáng)渡淮河的樣子，暗處朱棣派手下心腹朱能和丘福率領(lǐng)輕騎向西而行，在盛庸所率領(lǐng)軍隊(duì)看不到的地方悄悄地度過(guò)淮河，然后進(jìn)行偷襲。
就在盛庸專心致志的對(duì)付那些小船和竹筏之時(shí)，身后突然來(lái)了一把劍，一把鋒利無(wú)比的劍，那就是朱能丘福所率領(lǐng)的燕軍精銳輕騎，狠狠地插在了盛庸軍隊(duì)的心臟上，絲毫沒(méi)有反抗的機(jī)會(huì)，盛庸軍隊(duì)的官兵們頓時(shí)丟盔棄甲四處逃竄。而此時(shí)的盛庸也懵了，怎么也想不到這一群人是怎么過(guò)來(lái)的，時(shí)間不會(huì)給他太多，也不可能讓他想通，《明史紀(jì)事本末》中是這樣說(shuō)的，庸股栗不能上馬，其下掖之登舟，單舸脫去。這句話什么意思呢，就是說(shuō)盛庸的大腿發(fā)抖，已經(jīng)不能再騎馬了，他的部下扶著他上了一艘船，然后逃了出去。經(jīng)過(guò)盛庸逃跑之后，軍隊(duì)大亂，無(wú)心再作戰(zhàn)了，雖然盛庸逃了一命，但是他的所有船只都被朱棣沒(méi)收了，朱棣就用這幾千艘的戰(zhàn)船將自己的燕軍都送到了淮河的南岸，當(dāng)天下午，燕軍就已經(jīng)攻下了泗州。
攻下泗州之后，乘著軍心大振，朱棣立馬召集自己身邊的謀臣武將，討論如何攻入南京，有人提出從鳳陽(yáng)走，有人提出從淮安走，都是都被朱棣否決了，雖然從整體的局勢(shì)來(lái)看，建文帝好像是一直處于弱勢(shì)，但是這兩個(gè)城池的守軍還是很厲害的，一個(gè)是鎮(zhèn)守鳳陽(yáng)的都督同知孫岳，另一個(gè)是固守淮安的駙馬都尉梅殷。孫岳從朱棣開(kāi)始靖難的時(shí)候，他就開(kāi)始防御工作了，為了抵御朱棣的到來(lái)做了充足的準(zhǔn)備，另一位梅殷，他娶朱元璋次女寧國(guó)公主，任駙馬都尉，加封榮國(guó)公。受到了朱元璋的遺詔，奉命保護(hù)朱允炆，某種程度來(lái)說(shuō)，梅殷才是真正的顧命大臣，但是朱允炆卻不愿意重用梅殷，直到建文三年，朱棣將北方弄的是天翻地覆，朱允炆才想起來(lái)自己還有一個(gè)姑父梅殷可以重用，隨即命梅殷鎮(zhèn)守淮安。
建文四年的時(shí)候，朱棣已經(jīng)不停地向南進(jìn)軍了，但是朝中大部分人根本不是燕王的對(duì)手，都是墻頭草，處于觀望的狀態(tài)，根本不敢主動(dòng)上書(shū)說(shuō)我可以打敗朱棣如何如何，這就逼得朱允炆招民兵，雖說(shuō)號(hào)稱有四十萬(wàn)但是應(yīng)該沒(méi)有這么多。朱允炆的計(jì)策是很聰明的，因?yàn)閺谋逼降侥暇┳羁旖莸姆椒ň褪侨〉郎綎|的德州、濟(jì)南和江蘇的淮安一線，所以朱允炆在德州安排了盛庸，在濟(jì)南安排了鐵鉉，在淮安又安排了梅殷，現(xiàn)在只有梅殷還沒(méi)有和朱棣交手了，機(jī)會(huì)來(lái)了，梅殷帶著四十萬(wàn)大軍和朱棣要開(kāi)始決戰(zhàn)了。
其實(shí)在靈壁之戰(zhàn)之后，朱棣就想過(guò)從淮安去南京，所以派遣使者送信給梅殷，說(shuō)是想著去給朱元璋上香，但是被梅殷回絕了，理由是朱元璋自己說(shuō)過(guò)，誰(shuí)要是來(lái)南京上香就是不孝。梅殷用高皇帝的遺詔揭穿了朱棣的謊言，朱棣接到信之后很是生氣，隨即說(shuō)了實(shí)話。“今興兵除君側(cè)惡，天命有歸，非人所能阻?！币馑季褪俏医裉烨寰齻?cè)，是天命，不是認(rèn)為可以阻止的。梅殷看到了之后把使者的鼻子耳朵都割了，并且對(duì)信使說(shuō)，我留了你一條命，為的是殿下的君臣大義。朱棣聽(tīng)聞了很是生氣，卻又無(wú)可奈何。
回到故事的主線來(lái)，該從哪條路去南京都不合適，鳳陽(yáng)和淮安的軍事態(tài)勢(shì)根本不能如朱棣所想，只能選擇另外一條道路了，從泗州出發(fā)，渡過(guò)淮河直趨揚(yáng)州；同時(shí)派手下的吳玉給揚(yáng)州衛(wèi)指揮王禮送去招降手諭。揚(yáng)州的王禮、王宗本不是什么好東西，他們聽(tīng)說(shuō)燕軍要來(lái)?yè)P(yáng)州，就謀害了堅(jiān)決主戰(zhàn)的御史王彬和指揮崇剛，打開(kāi)揚(yáng)州城門(mén)，迎接燕軍入城。
建文四年六月初一，燕軍進(jìn)攻南京北大門(mén)——浦子口，浦子口就是今天的浦口區(qū)，這個(gè)地方和下關(guān)隔江相對(duì)，只要攻入了浦口，南京的大門(mén)就打開(kāi)了，此時(shí)的建文帝身邊都是嘴上說(shuō)說(shuō)的文臣，根本沒(méi)有武將可以鎮(zhèn)守，無(wú)奈之下，他又重新啟用了從淮河逃回來(lái)的盛庸。這一次，朱棣沒(méi)有使用任何計(jì)謀，直接進(jìn)攻，雖說(shuō)盛庸久經(jīng)沙場(chǎng)，英勇無(wú)比，但是也無(wú)法抵擋燕軍瘋子一樣的打法，最終南京城完全的暴露在燕軍的眼下。
浦口之戰(zhàn)失敗后，建文帝決定讓掌管長(zhǎng)江水師的都督僉事陳瑄趕緊去援助盛庸，建文帝認(rèn)為長(zhǎng)江天塹與燕軍對(duì)抗，燕軍不會(huì)贏得太輕松，可是沒(méi)想到的是陳瑄并未執(zhí)行建文帝命令，而是跑到了燕軍那里，投降了朱棣。這個(gè)時(shí)候，朱允炆已經(jīng)孤立無(wú)援了，建文四年六月十三日，朱棣發(fā)起了總攻，鎮(zhèn)守金川門(mén)的谷王朱橞和李景隆利用職務(wù)之便，打開(kāi)城門(mén)，放燕軍進(jìn)了南京。。
自此南京已經(jīng)可以說(shuō)是不在朱允炆的手中了。
京師遂破，燕軍進(jìn)了南京城，朱允炆的部下奮力抵抗，在一場(chǎng)場(chǎng)混戰(zhàn)中，南京城突然起火了，在火勢(shì)撲滅之后發(fā)現(xiàn)了幾具燒焦了的殘骸，無(wú)法辨認(rèn)，同時(shí)也找不到朱允炆的蹤影，朱棣在這幾具尸體前看了很久很久，不曾說(shuō)一句話，據(jù)太監(jiān)說(shuō)它們是皇帝、皇后和他的長(zhǎng)子朱文奎的尸體，即使朱棣不相信卻也沒(méi)有辦法，而現(xiàn)在的問(wèn)題不是這幾具無(wú)法辨認(rèn)的殘骸里有沒(méi)有朱允炆了，而是最重要的皇位問(wèn)題該如何處理。