楊廣派去調(diào)查的人并沒有搜羅到任何魚俱羅要造反的證據(jù)，不過楊廣并沒有為此放心，因?yàn)轸~俱羅相貌異于常人，兩眼各有兩個(gè)瞳孔，這是帝王之相，所以楊廣一直都對(duì)魚俱羅懷有猜忌之心。
　　于是楊廣直接下詔罷免魚俱羅的官職，將他抓到洛陽，讓大理寺司直梁敬真審問。
　　梁敬真也是位能揣摩上意的人，不然楊廣也不會(huì)點(diǎn)名讓他辦理這件案子了，他立即給魚俱羅安上了幾條罪名，結(jié)案上報(bào)。
　　于是，魚俱羅這位隋朝的一代名將，沒有死在戰(zhàn)場(chǎng)上，被斬殺在洛陽街市之中，不多的家財(cái)被沒收了，妻兒也在幾天后被處死。
　　直到大業(yè)十年，楊廣開始北上涿郡的時(shí)候，他又下詔招吐萬緒前去聽令，吐萬緒覺得自己這一去便會(huì)步魚俱羅的后塵，所以憂懼郁憤，走到半路的時(shí)候便去世了。
　　劉元進(jìn)在得知自己的兩大宿敵雙雙身死之后，大喊天要亡隋，之后領(lǐng)兵四處出擊，江南之地于是再次震動(dòng)，就連楊廣最喜的江都也陷入不安。
　　于是楊廣只好讓江都郡丞王世充征發(fā)淮南兵四萬，討伐劉元進(jìn)。
　　王世充，字行滿，本姓支，是西域的胡人，祖父支頹時(shí)遷居到了新豐，但年紀(jì)輕輕就死了，留下年輕的嬌妻與幼子支收，后來支頹嬌妻與儀同王粲野合，并生下一子王瓊，因此王粲納之為小妻，支收也隨母到了王家，因而改姓王。
　　王粲對(duì)王支視若親子，盡心教育，王支因而能在成人后步入官場(chǎng)，在隋文帝時(shí)官至懷、汴二州長(zhǎng)史。
　　因而，王世充也算是長(zhǎng)于官宦之家，從小喜看書傳，其中尤好兵書，后以軍功拜為兵部員外郎，累遷至江都郡丞，又以郡丞兼任江都宮監(jiān)。
　　江都是楊廣最喜歡待的地方，自從他登基后，每年都要巡幸江都，少則待一兩個(gè)月，多則超過半年，王世充在這期間，利用職務(wù)之便，對(duì)楊廣阿諛奉旨，極力巴結(jié)，因而很得楊廣信任。
　　王世充在得到楊廣詔令后，立即率軍渡江，多次與劉元進(jìn)交戰(zhàn)，劉元進(jìn)以為他王世充并沒有打仗的本事，所以對(duì)他很輕視。
　　然而，劉元進(jìn)很快便為他的這種想法付出了沉重的代價(jià)，他們兩軍自從大業(yè)十年三月份開始交戰(zhàn)以來，劉元進(jìn)便屢次被王世充打得大敗。
　　王世充在與劉元進(jìn)硬碰硬的交鋒的同時(shí)，還派人四處散播朝廷不再加重勞役、不再讓江南兵征遼等信息，這使得投奔劉元進(jìn)的人越來越少，劉元進(jìn)再也不能像以前那樣即使戰(zhàn)敗，仍能一呼百應(yīng)。
　　最后，劉元進(jìn)、朱燮等人在吳縣再一次被王世充大敗，并且全部戰(zhàn)死在了戰(zhàn)場(chǎng)，其余的部眾或是投降或是潰散，為時(shí)半年有余的叛亂終于被平定。
　　王世充召來先投降的人在通玄寺的佛象前焚香為誓，約定降者不殺。
　　劉元進(jìn)潰散部眾開始想入海為盜，聽到這個(gè)消息，一個(gè)月內(nèi)，基本都投降了王世充，但王世充最后卻把這些人全都坑殺在黃亭澗，死者達(dá)三萬余人。
　　因此，其余的人又相聚為盜，官軍無法討伐，直至隋朝滅亡。